臺灣農業用地因取得成本低廉而長期吸引中小企業於農地設廠，致使未登記工廠持續增生，衍生農地破碎化、環境污染、食安與公安等風險，形成土地使用管制失靈之典型態樣。政府自1999年以降陸續推動臨時工廠登記、特定地區劃設及特定工廠制度，試圖透過輔導、納管及土地變更機制改善違規情形。然而，臨時工廠登記未能解決土地與建築物合法化問題；特定地區因欠缺可行性評估與所有權整合而推動受阻；民國108年《工廠管理輔導法》修法所強調之「全面納管、就地輔導、合法經營」亦因行政程序繁複、審查標準不一及國土計畫尚未全面落實，使群聚地區劃設欠缺上位計畫依據，致政策成效有限，且違規工廠仍有持續增生之現象。
依制度變遷理論觀之，未登記工廠治理長期受路徑依賴與制度僵化影響，政府持續依賴輔導合法化措施，形成制度慣性與治理惰性，致使難以突破既有結構。另依政策執行理論，跨部門權責分散、中央與地方協作不足及產業與農業部門間目標衝突，使制度在實務執行上面臨落差。經文獻檢視與現況分析，本研究歸納未登記工廠治理困境主要包括「法制面」、「執行面」及「配套面」等三大面向，此等困境不僅阻礙了農地保育之公共利益實現，更反映了現行制度在土地資源分配與國土永續發展正當性上之不足。
本研究以問卷訪談方式，針對位於特定地區內已申請合法化之未登記工廠業者及中央與地方主管機關進行訪談，以掌握制度推動之實務困境。研究結果顯示，受訪者普遍認為現行制度在用地變更、行政審查與跨部門協作層面，存在程序繁複、審查標準不一及配套不足之情形，導致合法化進程延宕；主管機關亦指出人力與經費限制、跨部門協調不足及制度間衝突等皆為影響治理成效之要因。是故，本研究認為有必要從制度設計與執行端雙向檢視其落差，以建立具一致性與可行性之治理模型。
綜合制度分析與問卷訪談結果，本研究提出六項治理原則，包括「重要農業地區治理原則」、「整體規劃原則」、「群聚地區劃設原則」、「限期處理原則」、「禁止增生原則」及「資訊公開原則」，並提出全面清查與盤點、完善群聚地區劃設、用地合法化、強化轉型與遷廠制度、建立退場及全民監督機制等具體策略。期能建構具一致性、可行性與治理能力之制度框架，作為後續中央與地方政府調整未登記工廠治理政策與修法之參考，以達成農地保護與產業發展之平衡。

一、中文文獻
(一)專書
Douglass C. North著，劉瑞華譯，2017，『制度、制度變遷與經濟成就(初版) 』，台北：聯經。
丘昌泰，2022，『公共政策基礎篇(第六版) 』，台北：巨流。
吳定，2005，『公共政策辭典(第三版) 』，台北：五南。
李允傑、丘昌泰，2009，『政策執行與評估』，台北：元照。
孫本初，2013，新公共管理，第五版，台北：一品文化。
賴宗裕，2022，『成長管理』，國立政治大學地政學系課堂講義。
邊泰明，2018，『土地使用規劃與財產權理論與實務(二版) 』，台北：詹氏。

(二)期刊
朱景鵬、朱鎮明，2013，「公共治理思潮下之我國地方治理」，公共治理季刊，第1卷(1)：84-98。
柯三吉，2013，「當代政策執行研究途徑之發展趨勢(1970~2010) 」，『空大行政學報』，第26卷：1-34。
陳明燦，2012，「我國非都市土地違規使用制裁規定與輔導合法化之法制分析」，『臺灣環境與土地法學雜誌』，第6期：53-71。
陳姿伶、張家瑄，2019，「初探違章工廠空間群聚／離散暨違章工廠群聚形成因子」，『建築與規劃學報』，第20卷(2)：97-113。
陳翰輝，2021，「未登記工廠對於土地使用之挑戰：以農業用地為例」，『經濟前瞻』，第195期：112-118。
鄭安廷，「農地轉用與農地佔用在國土空間的發展與變遷」，『臺灣土地研究』第25卷(2)，2022：157-185。
賴宗裕，2011，「台灣農地保護問題與應有作為」，『土地問題研究季刊』，第10卷(4)：28-35。
顏愛靜，1994，「非都市土地使用計劃及管制體系之檢討與改進」，『臺灣地政』，第95期：4-12。

(三)會議論文
吳柏澍，2018，「台中的「農地工廠」：延展都市化與分散式工業地理的調控」，第十屆發展研究年會：607、609-640，國立政治大學：台北。
林書瑜、賴宗裕，2019，「農地未登記工廠清理問題之研究」，屏東大學不動產經濟學系2019第十七屆土地研究學術研討會論文：屏東。
賴宗裕，2018，「國土計畫法下農地保護問題之探討」，中國文化大學第二十七屆2018海峽兩岸土地學術研討會論文：台北。

(四)博、碩士論文
水啟梅，2005，「製造業廠商之區位選擇」，國立成功大學，都市計劃學系碩士論文：台南。
江瑞如，2011，「都市計畫農業區多功能績效管制機制之探討」，國立政治大學地政學系碩士論文：台北。
吳元中，2006，「矯正未登記工廠政策執行之研究-以比較組織文化差異的觀點」，東海大學公共事務碩士學程在職進修專班碩士論文：台中。
吳柏澍，2019，「農村長工廠」到「農地種工廠」：台中都會區的延展都市化」，國立臺灣大學建築與城鄉研究所碩士論文：台北。
吳淑慧，2007，「廠商進駐地方政府所開發工業區投資因素研究-以岡山本洲工業區為例」，國立中山大學公共事務管理研究所碩士論文：高雄。
吳連賞，1990，「台灣地區工業發展的過程及其環境結構的變遷」，中國文化大學地學研究所博士論文：台北。
李允中，2016，「制度性因素、社群性誘因、政策行動場域與政策執行之關聯」，台北市立大學社會暨公共事務學系公共事務學碩士論文：台北。
周文雄，2010，「非都市土地農牧用地使用管制之研究」，國立政治大學地政學系碩士在職專班碩士論文：台北。
周映慈，2021，「未登記工廠遷廠之阻礙-以臺南市金屬製品製造業為例」，崑山科技大學房地產開發與管理研究所碩士論文：台南。
林于正，2013，「台灣社會健康保險之制度變遷」，國立成功大學政治經濟學研究所碩士論文：台南。
林泓逸，2017，「臺中市未登記工廠輔導成效之研究-以法律政策學分析」，國立中興大學法律學系碩士在職專班碩士論文：台中。
林書瑜，2019，「農地未登記工廠清理策略之研究」，國立政治大學地政學系碩士在職專班碩士論文：台北。
施永智，2022，「國土計畫法下非都市土地特定工廠問題因應對策之探討」，逢甲大學建設碩士在職學位學程碩士論文：台中。
柯伯煦，2011，「政府的工業區治理與制度分析」，國立政治大學地政學系博士論文：台北。
徐禎瑜，2013，「制度變遷與地方派系之關係-以台南縣市合併升格為例」，國立成功大學政治經濟學研究所碩士論文：台南。
高淯琪，2021，「從網絡治理觀點探討工廠合法化之難題：以高雄市嘉華產業輔導專用區為例」，國立中山大學政治學系碩士論文：高雄。
高鈺焜，2010，「非都市土地農牧用地容許使用之研究」，國立政治大學地政學系碩士在職專班論文：台北。
張筠旋，2018，「非都市土地農地未登記工廠違規使用問題之研究-以土地使用管制法制為中心」，國立臺北大學不動產與城鄉環境學系碩士論文：台北。
陳朱廷，2020，「農地未登記工廠處理方案之生態系統服務影響分析-以彰化縣為例」，國立成功大學都市計劃學系：台南。
陳姿伶，2009，「編定工業區內閒置土地招商策略之研究-以中南部新興工業區為例」，國立成功大學都市計劃學系碩士論文：台南。
陳建彰，2021，「以工業發展的角度探討影響未登記工廠分布之區域特徵因素-以台南市為例」，國立成功大學都市計劃學系碩士論文：台南。
陳郁芬，2021，「嘉義地區未登記工廠之區位特性研究」，國立成功大學都市計劃學系碩士論文：台南。
陳哲新，2016，「違法土地使用合法化之制度路徑分析」，國立臺北大學不動產與城鄉環境學系碩士論文：台北。
楊麗琴，2003，「地方政府輔導違章工廠遷廠關鍵因素研究-以彰濱工業區為例」，大葉大學工業關係研究所碩士班碩士論文：台北。
詹雅琬，2007，「地方政府對違章工廠管理之研究-以彰化縣為例」，東海大學公共事務碩士學程在職進修專班：台中。
蔡翊伶，2019，「農地未登記工廠分布之空間分析-以中部地區為例」，國立臺北大學都市計劃研究所碩士論文：台北。
閻永祺，2012，「產業空間群聚之辨識-以臺灣製造業為例」，國立成功大學都市計劃學系博士論文：台南。
蘇偉強，2023，「捷運建設計畫納入土地價值獲取方案之審議制度研究」，國立政治大學地政學系博士論文：台北。

(五)其他
1、調查、研究報告、議題研析
呂文玲，2018，「輔導違章工廠合法化之修法研析」，立法院議題研析。
田秋堇、林盛豐，2022，「農地違章工廠衍生環境污染及食品安全疑慮案」，監察院調查報告。
曾黛如、陳荔芬，2011，「我國未登記工廠輔導合法化之研究」，行政院經濟建設委員會。
劉宜君、周育仁、朱鎮明，2010，「政策執行力指標之建構」，行政院研究發展考核委員會委託研究報告：台北。
賴宗裕，2010，「都市計畫農業區合理利用與管理制度之研究」，行政院農業委員會科技計畫：台北。
賴宗裕、陳立夫，2005，「國土計劃功能分區劃定與土地使用管制機制結合」，內政部營建署委託辦理計畫：台北。
賴宗裕、陳立夫、詹士樑、徐國城，2014，「102年度我國合理土地使用分區管制與使用管理制度之研究」，：國家發展委員會委託研究報告：台北。
顏愛靜，2003，「農地管理與違規使用問題之研究」，行政院農業委員會92年度委託辦理計畫：台北。

2、計畫、法規
內政部，2018，「全國國土計畫（公告版）」，內政部：台北。
行政院，2013，「輔導未登記工廠合法經營方案(核定本) 」，行政院：台北。
行政院，2019，「工廠管理輔導法部分條文修正草案」，行政院：台北。
經濟部，2015，「未登記工廠合法經營政策公聽會問答集」，經濟部：台北。
經濟部，2023a，「優化工廠改善計畫審核作業工作指引」，經濟部：台北。
經濟部，2023b，「優化特定工廠用地計畫審核作業工作指引」，經濟部，台北。
經濟部，2024，「納管工廠納管輔導金及特定工廠營運管理金運用指引」，經濟部：台北。

二、英文文獻
(一)專書
Couch, C., Leontidou, L., and Petschel-Held, G., 2007, Urban Sprawl in Europe., Published, India Printed and bound in Malaysia: Newgen Imaging Systems (P) Ltd, Chennai.
North, Douglass C., 1981, Structure and change in economic history. New York: W. W Norton ＆ Company, Inc.
North, Douglass C., 2005, Understanding the Process of Economic Change, Princeton: Princeton University Press.
Stigler, G. J., 1975, The citizen and the state: essays on regulation, Chicago: Chicago University Press.
Wilson, J. Q., 1989, Bureaucracy: what government agencies do and why they do it, New York: Basic Books Publisher.

(二)期刊
Amsdn, A. H., 1991, “Diffusion of Development: The Late-Industrializing Model and Greater East Asia,” The American Economic Review, 81(2): 282-286.
Couch, C. and Karech, J., 2006, “Controlling Urban Sprawl: Some Experiences from Liverpool,” Cities, 23(5): 353-363.
Francis, C. A., Hansen, T. E., Fox, A. A., Hesje, P. J., Nelson, H. E., Lawseth, A. E., & English, A., 2012, “Farmland Conversion to Non-agricultural Uses in the US and Canada: Current Impacts and Concerns for the Future,” International Journal of Agricultural Sustainability, 10(1): 8-24.
Frenken, K., and Boschma, R. A., 2007, “A Theoretical Framework for Evolutionary Economic Geography: Industrial Dynamics and Urban Growth as a Branching Process,” Journal of Economic Geography, 7(5):15.
Karakayaci, Z., 2016, “The Concept of Urban Sprawl and Its Causes,” Journal of International Social Research, 9(45): 815-818.
Sabatier, P. A., and Mazmanian, D., 1979-1980, “The Implementation of Public Policy: A Framework of Analysis,” Policy Studies Journal, 8(4): 542.
Sabatier, P. A., 1988, “An Advocacy Coalition Framework of Policy Change and the Role of Policy-oriented Learning Therein,” Policy Sciences, 21: 129-168.
Stigler, G. J., 1971, “The Theory of Economic Regulation,” Bell Journal of Economics, 2 (Spring):3-21.
Van Meter, D. S., and Van Horn, C. E., 1975, “The Policy Implementation Process: A Conceptual Framework,” Administration & Society, 6(4): 445-488.
Williamson, C. R., 2009, “Informal Institutions Rule: Institutional Arrangements and Economic Performance,” Public Choice, 139: 371-387.

三、網頁參考文獻
內政部政府資料開放平台，
https://data.gov.tw/dataset/162981，取用日期：2024年08月13日。
內政部國土管理署，輔導未登記工廠合法經營方案特定地區土地檢討變更專區，
https://reurl.cc/7dRpz5，取用日期：2024年08月24日。
吳其融、吳沅諭，全臺有多少家違章工廠，https://www.cet-taiwan.org/node/3762，2020年7月23日。
吳沅諭，農地違章工廠320大限-從源頭遏止食安風險，2022年3月14日，
https://www.cet-taiwan.org/node/4109，取用日期：2024年8月13日。
李蘇竣，農地工廠大限後 經部初估2000家未納管 公布優先查處名單，2022年03月31日，https://e-info.org.tw/node/233742，取用日期：2024年8月13日。
農業部農業及農地資源盤查結果查詢圖台https://talis.moa.gov.tw/ALIES/farmlandsurveyreport/112/sheet001.htm，取用日期：2024年08月13日。