本論文主要討論清代前期考據學家姚際恆個人生平思想，主要討論範圍以姚氏《九經通論》為主。為探求姚氏的思想架構和體系，首先針對《九經通論》中相關經學思想的批評著手，最終探求姚氏為何寫作《九經通論》以及其寫作背後的思想問題。
　　本論文主要分為三大段落，循一般個人思想研究的進程進行，由著作和學行到詳細的辨析其個人思想內容之精髓。第一、著作和學行之間的意義：針對個人思想研究，必須要先考察對象的生平事跡和時代背景，此乃孟子「知人論世」之要。「學行」的基本定義在於學問發展途徑，及與友人交往和問學的過程為主。而「著作」是個體表現出的實際成果，兩者相結合而看，成為姚際恆個人思想研究的初步基礎工作。本文以此為進入姚際恆思想研究的第一個進程，並探討其著作和學行之間的其他相關問題。
　　第二、建構姚際恆批評哲學的主體架構：研究姚氏思想問題，最大癥結在於姚氏資料的呈現方式，姚氏並非以思想專論的形式表現，而是以傳統經注的方式呈現。但以《九經通論》完整系統來看，姚氏應有一個完整的寫作體系。然而《九經通論》並非完整的流傳下來，因此姚氏的著作資料可說是相當雜亂，要釐清這一個完整的體系，必須先建立一套系統來觀看姚氏的整體思想。本文採用前人研究中的三個概念來建構此一體系。首先，以日人村山吉廣所言的「聖人之教」和「聖經觀點」（詳見論文），對於孔孟聖人之教的提倡意義來討論。其次，以方玉潤批評《詩經通論》：「剖抉未精，立論未允，識微力淺，義少辯多，亦不足以鍼盲起廢」為出發，作為整體架構的一個意義，亦即「批評架構」，並且針對經學問題提出「駁雜」的批評方法。最後，以前人研究中最常提及姚氏反對佛老之義理的「質變」問題。此處首重姚氏著作中針對前人經學論注的相關批評，以此為本論文切入思想的觀察點，姚氏針對前人的批評，正可代表某種思想價值的展開和建立。
　　第三、哲學命題及比較研究：哲學命題的比較研究，是一般思想研究常用的方式，為本文的第三個進程。本文針對姚際恆批評體系建立起主要的架構，以哲學命題研究為姚氏的整體思想建立起血肉。比較研究有所謂的比較「對象」，姚氏的哲學命題是針對於宋明儒者而發，因此相關哲學命題的討論，多以理學裡所討論的命題為主，如「道」、「理」、「氣」、「心」、「性」等等。此處針對姚氏思想的主張，在文本上進行排比和分析，如論述「詮釋方式」、「歷史批評」等，都是研究的主體。並加上其他姚氏相關著作的論點，進行觀點整合和比較研究，從而確立姚氏的主體思想義理。
　　上述三點為主要的研究進程和方法，也是本論文中主要章節的大綱和研究方式。本文對姚氏所呈現的經學和思想地位下一定位，因此加強前三點的整合，並和現今清代學術思想研究的成果進行比較。個人冀望為姚氏尋求其在經學和義理學上的意義，並在縱向的清代學術流變上釐清姚氏承續和啟發的價值。

一、姚際恆專著
本文依林慶彰先生主編：《姚際恆著作集》共六冊（台北：中央研究院文哲所出版，1994.6，初版）以下分別為各冊點校人員之姓名詳細資料。
［清］姚際恆，顧頡剛點校：《詩經通論》，即收錄於《姚際恆著作集》第一冊。
［清］姚際恆，張曉生輯點：《古文尚書通論輯本》，即收錄於《姚際恆著作集》第二冊。
［清］姚際恆，簡啟楨輯點：《禮記通論輯本（上）》，即收錄於《姚際恆著作集》第二冊。
［清］姚際恆，簡啟楨輯佚、江永川標點：《禮記通論輯本（下）》，即收錄於《姚際恆著作集》第三冊。
［清］姚際恆，張曉生點校：《春秋通論》，即收錄於《姚際恆著作集》第四冊。
［清］姚際恆，童小鈴彙集：《古今偽書考》，即收錄於《姚際恆著作集》第五冊。
［清］姚際恆，林慶彰點校：《好古堂書目》，即收錄於《姚際恆著作集》第六冊。
［清］姚際恆，林耀椿點校：《好古堂家藏書畫記》，即收錄於《姚際恆著作集》第六冊。
［清］姚際恆，林耀椿點校：《續收書畫奇物記》，即收錄於《姚際恆著作集》第六冊。
［清］姚際恆，陳祖武點校：《儀禮通論》（北京：中國社會科學出版社，1998.10，初版）。
二、古籍
［宋］朱熹：《四書章句集注》（北京：中華，1996.9，初版五刷）
［宋］朱熹：《詩經集傳》（台北：世界，1981.11，五版）
［宋］朱熹：《朱子全集》（台北：大方，1963.2）
［宋］陸九淵，［明］王宗沐編：《陸象山全集》（台北：世界，1979.9）
［宋］黎靖德編，王星賢點校：《朱子語類》（北京：中華，1999.6，初版四刷）
［宋］陳淳：《北溪字義二卷》（台北：商務，1983）
［明］王守仁，吳光等校：《王陽明全集》（上海：上海古籍，1992.12）
［清］顧炎武：《日知錄集釋》（湖南長沙：岳麓書社，1994）
［清］黃宗羲：《明儒學案》（北京：中華，1985）
［清］黃宗羲等撰：《宋元學案》（北京：中國書店，1990.12）
［清］朱彞尊著，林慶彰等點校：《點校補正經義考》（台北：中研院文哲所，1997）
［清］毛奇齡：《西河合集》（缺其他相關資料）
［清］毛奇齡：《西合集》（台北：商務，1983）
［清］閻若璩：《尚書古文疏證》（上海：古籍，1987）
［清］紀昀等撰：《四庫全書總目提要》，影印武英殿聚珍本（台北：商務，1983.10）
［清］阮元校勘：《十三經注疏》（台北：藝文印書館，1993.9）
［清］王引之：《經義述聞》（台北：商務，1979）
［清］江藩，朱維錚主編：《國朝漢學師承記》，收錄於《漢學師承記（外二種）》（北京：三聯，1998.6）
［清］江藩，朱維錚主編：《國朝宋學淵源記》，收錄於《漢學師承記（外二種）》（北京：三聯，1998.6）
［清］方東樹，朱維錚主編：《漢學商兌》，收錄於《漢學師承記（外二種）》（北京：三聯，1998.6）
［清］杭世駿輯：《續禮記集說》，清光緒三十年（1904）浙江書局刊本
［清］方玉潤：《詩經原始》（台北：藝文，缺出版年月）
［清］皮錫瑞：《經學通論》（台北：商務，1989.10）
［清］皮錫瑞：《（增註）經學歷史》（台北：藝文，1996.8，三刷）
［清］甘鵬雲：《經學源流考》（台北：廣文，1977.1）
［清］王先謙：《荀子集解》（北京：中華書局，1997.10）
中國科學院圖書館整理：《續修四庫全書總目提要經部》（北京：中華，1993.7）
李學勤主編：《十三經注疏（標點本）》（北京：北京大學，1999.12，初版）
三、近代著作（先分大類，依作者筆劃遞增排序，翻譯書以翻譯名稱為主）
（一）專書
a、經學
王葆玹：《西漢經學源流》（台北：東大，1994.6初版）
［日］本田成之：《中國經學史》（台北：廣文，1990.7）
［日］安井小太郎等著，連清吉、林慶彰譯：《經學史》（台北：萬卷樓，1996.10初版）
朱維錚編：《周予同經學史論著集》（上海：上海人民，1996.7二版二刷）
李威熊：《中國經學發展史論》（台北：文史哲，1988.12初版）
林慶彰：《明戴考據學研究》（台北：學生，1986.10修訂再版）
林慶彰：《清初的群經辨偽學》（台北：文津，1990.3初版）
馬宗霍：《中國經學史》（台北：商務，1992.11）
章權才：《宋明經學史》（廣東：廣東人民，1999.9初版）
漆永祥：《乾嘉考據學研究》（北京：社科，1998.12初版）
蔣伯潛：《經學纂要》（台北：正中，1981.10，四版）
錢穆：《國學概論》（北京：商務，1997新版）
b、清學（上文已列者不再重複）
王俊義、黃愛平：《清代學術文化史論》（台北：文津，1999.11，初版）
王茂等著：《清代哲學》（合肥：安徽人民，1992.1，初版）
李紀祥：《明末清初儒學之發展》（台北：文津，1992.12，初版）
［日］村瀨裕也著，王守華等譯：《戴震的哲學----唯物主義和道德價值》（濟南：山東人民，1996.7，二刷）（日本原著於1984初版）
杜維運：《清乾嘉時代之史學與史家》（台北：學生，1989.4，初版）
周可真：《顧炎武哲學思想研究》（北京：當代中國，1999.12，初版）
周兆茂：《戴震哲學新探》（合肥：安徽人民，1997.6，初版）
林安梧：《中國近現代思想觀念史論》（台北：學生，1995.9，初版）
林聰舜：《明清之際儒家思想的變遷與發展》（台北：學生，1990.10，初版）
姜廣輝：《走出理學》（瀋陽：遼寧教育，1997.5，初版）
張麗珠：《清代義理學新貌》（台北：里仁，1999.5，初版）
梁啟超：《中國近三百年學術史》（台北：華正，1994.8）
梁啟超：《清代學術概論》（上海：上海古籍，1998.1）
陳居淵：《清代樸學與中國文學》（南昌：百花洲文藝，2000.6，初版）
陳祖武：《清初學術思辨錄》（北京：社科，1992.6，初版）
陳祖武：《清儒學術拾零》（長沙：湖南人民，1999.8，初版）
陳登原：《顏習齋哲學思想述》（上海：東方，1989.3）
［美］愛爾曼著，趙剛譯：《從理學到樸學》（南京：江蘇人民，1995.9，初版）
［日］溝口雄三著，索介然、龔穎譯：《中國前近代思想的演變》（北京：中華，1997.10，初版）
葛榮晉、魏長寶著：《一代儒宗顧亭林》（台北：文津，2000.8，初版）
詹海雲：《清初學術論文集》（台北：文津，1992.3，初版）
劉又銘先生：《理在氣中》（台北：五南，2000.11，二版一刷）
鄭宗義：《明清儒學轉型探析》（香港：中文大學 2000，初版）
蕭倢父、許蘇民：《明清啟蒙學術流變》（瀋陽：遼寧教育，1995.10，初版）
錢穆：《中國近三百年學術史》（北京：商務，1997.8，新版一刷）
顧頡剛：《古史辨》（台北：藍燈，1993.8，二版）
c、思想暨思想史類
于化民：《明中晚期理學的對峙與合流》（台北：文津，1993.2，初版）
［日］小野澤精一等，李慶譯：《氣的思想》（上海：商務，1999.4，四刷）（在日本於1978年出版）。
方克立主等編：《現代新儒家學案》（北京：社科，1995.9，初版）
王開府：《儒家倫理學析論》（台北：學生，1988.7，二刷）
王蘧常主編：《中國歷代思想家傳記匯詮》（上海：復旦大學，1996.5，二刷）
任繼愈：《中國哲學發展史（先秦）》（北京：人民，1983.10，初版）
任繼愈主編：《中國佛教史（第一卷）》（北京：中國社科，1997.12，初版三刷）
任繼愈主編：《中國哲學史》（北京：人民，1990.3，四刷）
牟宗三：《中國哲學十九講》（台北：學生，1997.1，七刷）
吳龍輝：《原始儒家考述》（北京：社科，2000.1，二刷）
祁潤興：《陸九淵評傳》（南京：南京大學，1998.12，初版）
侯外廬等主編：《宋明理學史》（北京：人民出版社，1997.10，二版）
張立文：《朱熹評傳》（南京：南京大學，1998.12，初版）
張立文：《宋明理學研究》（北京：新華，1985.7，初版）
張立文主編：《氣》（北京：人民大學，1990.12，初版）
張立文主編：《理》（北京：人民大學，1991.10，初版）
張立文主編：《道》（北京：人民大學，1989.3，初版）
張祥浩：《王守仁評傳》（南京：南京大學，1997.2，初版）
陳少峰：《中國倫理學史》（北京：北京大學，1996.2，初版）
陳谷嘉：《儒家倫理哲學》（北京：人民，1996.6，初版）
陳來：《古代宗教與倫理----儒家思想的根源》（上海：三聯，1996.3，初版）
陳來：《宋明理學》（台北：洪葉，1994.9，初版）
陳榮捷：《宋明理學之概念與歷史》（台北：中研院文哲所，1996，初版）
傅偉勳：《西洋哲學史》（台北：三民，1994.2，十三版）
勞思光：《新編中國哲學史》（台北：三民，1997.10，九版）
馮友蘭：《中國哲學史新編》（台北：藍燈，1991.12，初版）
馮達文：《宋明新儒學略論》（廣東：廣東人民，1997.7，初版）
黃敏浩：《劉宗周及其慎獨哲學》（台北：學生，2001.2，初版）
葛榮晉：《中國實學思想史》（北京：首都師範大學，1994.9，初版）
蒙培元：《中國哲學主體思維》（北京：人民，1997.5，三刷）
蒙培元：《理學的演變》（福州：福建人民，1998.4，二版）
蒙培元：《理學範疇系統》（北京：人民，1998.5，二刷）
劉周堂：《前期儒家文化研究》（桂林：廣西師範，1998.3初版）
劉長林：《中國系統思維》（北京：中國社科，1997.4，二刷）
劉述先：《文化傳統的延續與轉化》（香港：中文大學，1999，初版）
蔡元培：《中國倫理學史》（北京：東方，1996.3，新版）
韓強：《重讀王陽明》（成都：四川人民，1997.9，初版）
（二）學位論文
文鈴蘭：《姚際恆詩經通論之研究》（政大中文系博士論文，1994）
李慶龍：《顧炎武經史論----明末清初學術之變遷》（台大歷史系碩士論文，1990.6）
杜保瑞：《論王船山易學語氣論並重的形上學進路》（台大哲學所碩士論文，1993.5）
林葉連：《中國歷代詩經學》（文化大學中文所博士論文，1991.6）
張博成：《姚際恆《春秋通論》研究》（東吳大學中文系碩士論文，2001）
張曉生：《姚際恆及其「尚書」「禮記」學》（東吳中文系碩士論文，1990.6）
彭維杰：《朱子詩教思想研究》（文化中文系博士論文，1998.12）
趙明媛：《姚際恆詩經通論研究》（中央中文所博士論文，2000）
劉人鵬：《閻若璩與古文尚書辯偽----一個學術史的個案研究》（台大中文所博士論文，1991.6）
劉秀蘭：《化經學為心學----論慈湖之經學思想與理學之開新》（台大中文所碩士論文，1999.7）
（三）期刊論文及會議論文
林慶彰主編：《姚際恆研究論集》（中研院文哲所出版，1996）收錄相關姚際恆的單篇研究論文（共42篇，另有三篇資料彙整，詳見緒論）。
邱為君：〈清代思想史『研究典範』的形成、特質與義涵〉（清華學報，新二十四卷第四期，1994.12，p451-494）
邱為君：〈批判的漢學與漢學的批評：章太炎對考據學的反省及對戴震漢學的闡釋〉（清華學報，新二十九卷第三期，1999.9，p321-364）
劉人鵬：〈詮釋與考證----閻若璩辨偽論據分析〉（收錄於中研院《清代經學國際研討會論文集》，1994.6，p.157-190）
陳祖武：〈關於乾嘉學派的幾點思考〉（收錄於中研院《清代經學國際研討會論文集》，1994.6，p.247-262）
張壽安：〈禮、理爭議----清嘉道間漢宋學之爭的一個焦點〉（收錄於中研院《清代經學國際研討會論文集》，1994.6，p.291-322）
岑溢成：〈阮元《性命古訓》析論〉（收錄於中研院《清代經學國際研討會論文集》，1994.6，p.323-352）
湯志鈞：〈清代經學學派及其異同〉（收錄於中研院《清代揚州學術研究》，2001.4，p.1-20）
黃愛平：〈清代漢學流派析論〉（收錄於中研院《清代揚州學術研究》，2001.4，p.21-48）
劉又銘：〈從「蘊謂」論荀子哲學潛在的性善觀〉（收錄於《孔學與二十一世紀國際學術研討會論文集》，2001.10，p.50-77）