本文的標題為“明代官僚組織的組成及其運作”，因此在行文結構方面主要是針對明代官僚組織的“組成”與“運作”兩方面合併進行說明與分析，在組成方面著重於制度的說明，而運作方面則是配合相關的事例，對於前所述及的制度予以實例性的說明，使讀者能夠有較為深入的瞭解與體會。文中所探討的內容，類似於現代所謂的人事管理制度。古代的人事管理制度，大致上包括有官吏的培訓、選拔、任用、考課、獎懲、調配和俸祿待遇等系列管理方法。本文劃分為取士制度及任官制度兩個面向加以討論。就取士制度來看，官僚組織的組成，其首要的條件，乃是要有足夠的人才。這些人才是如何培育、甄選出來？換言之，透過那些途徑獲得足夠的人才？其利弊得失又是如何？是其所要探討的範圍。大致上以薦舉、吏員、學校與科舉四者為主要的探討對象，分列於第二、三章之中、第二章內容可分為三個部分：取士制度的意義與內容（包括三途並用的說明）、薦舉與吏員。第三章則以學校、科舉為主，並對明代的取士制度作一總結性的說明。之所以做如此安排者，主要乃是從制度面考量而來，其說明詳見後文。其次再就任官制度而言，官僚的派任、陞遷、考核、待遇雖說是息息相關，密不可分的，然而大致上可以分為選官與考績兩部分，因此作者分別於第四、第五章之中論述。此一部分在有關明史的研究中並沒有系統及完整的討論，因此除了作制度的說明之外，同時希望能夠具體地將其實際情形，完整地加以陳述，進而評判其利弊得失。

另外特別注意者，作者在本文所指“官僚組織”主要是限定於文官體系而言，武官體系並不在討論範圍之內。之所以如此者，一方面由於文官體系加上武官體系，使得研究範圍過於龐雜且非作者能力所逮；另一方面，明代的官制乃重文輕武，『雖文武並置，而政事皆歸文職』，例如弘治年間編纂《會典》時，其凡例即明言：

本朝設官，大抵用周制，雖文武並置，而政事皆歸文職，故諸司職掌所載衙門，惟六部、都察院、通政使司、大理寺及五軍都督府斷事官。其文武官制，則分見于吏、兵二部。今會典義當從備，故文武衙門各有職掌者，遂另開具，文職如宗人府之類，武職如五軍都督府之類，敘其建置沿革及所掌職事，而事必歸之六部。（《大明會典》，〈弘治間凡例〉，葉二－三，頁一六－一七）

故而文中所指官僚組織者者，皆意指文官體系而言，作者在此特別聲明之。