有關策略管理領域中，合作策略已漸成為競爭策略的另一選擇，同時在資源統治結構方面，介於市場結構與層級結構間的跨組織合作關係，為近年來組織理論中的重要研究議題。本研究主要探討跨組織合作關係類型及所採用的管理機制，並選定以醫療產業進行研究，限定以醫院評鑑合格之不涉及股權的跨組織合作關係，採實證方式來驗證理論觀點。

解釋跨組織合作關係之理論觀點，最常見者有資源依賴理論及交易成本理論，而此理論皆從經濟觀點出發，由於本研究所探討之醫療產業，其跨組織合作關係中多數係非以經濟觀點為考量，因此本研究補充社會交換理論加以闡述，期能從合作關係中投入與產出之明確性來區分經濟交換關係及社會交換關係。另因過去對於國內醫院間互動之相關研究指出，從醫院等級來看，發現醫院間的互動多為不同級之單向支援關係，同級醫院之合作很少，因此本研究捨棄醫院層級性角度，另外從每個合作關係之權力及互惠等實質面來觀察合作關係之對等性。

另外對於跨組織合作關係之管理，一般多沿用組織內的管理控制方式。而文獻指出組織間的管理機制包括市場機制、科層機制及關係機制，此三種機制係採結合方式加以應用。

本研究依文獻探討建立初步的研究架構，再經由個案實務分析加以修正，將跨組織合作關係依投入可明確衡量程度、產出可明確衡量程度及合作關係對等性三構面分成八類。另提出四種管理機制組合方式，包括：1.結合市場機制與科層機制。2.結合關係機制與科層機制。3.結合市場機制、關係機制與科層機制。4.單採用關係機制。

本研究採問卷調查方式，針對八十六年度評鑑合格醫院之不涉及股權合作關係進行研究，採分層抽樣，其中醫學中心（10家）及區域醫院（38）全部抽樣，地區醫院（166家）抽樣30家，問卷寄發單位以醫院之科別部門為單位，共計回收有效樣本155筆。

另外分別從理論推導及個案觀察提出六個研究假設，其中假設一至假設五為原理層次，主要從理論推導而得，採用多變量變異數分析法加以檢定，結果顯示假設一至假設五皆獲得支持；假設六為應用層次，又包括八個子假設，主要從個案實務觀察再配合理論推論而得。採用樣本比例分析法檢定，結果顯示八個子假設中，有三個得到支持，其他五個則未獲支持。依實證調查發現結果，對於跨組織合作關係類型及管理機制之關係，提出下列結論：

1.當跨組織合作關係的投入可衡量程度愈明確時，對於選擇市場機制的傾向大於選擇關係機制。

2.當跨組織合作關係的產出可衡量程度愈明確時，對於選擇市場機制的傾向大於選擇科層機制。而對於選擇市場機制的傾向亦大於選擇關係機制。

3.當跨組織合作為不對等關係時，對於選擇關係機制的傾向大於選擇市場機制。而對於選擇關係機制的傾向亦大於選擇科層機制。

4.當跨組織合作關係之投入與產出皆可明確衡量，且為不對等合作關係時，會傾向同時結合併用市場機制、科層機制與關係機制來管理。

5.當跨組織合作關係之投入不可明確衡量而產出可明確衡量，且為不對等合作關係時，會傾向同時結合併用市場機制、科層機制與關係機制來管理。

6.當跨組織合作關係之投入與產出皆不可明確衡量，且為不對等合作關係時，傾向單採用關係機制來管理。