在對人文科學的考查中，傅柯發現到人文科學其實埋藏了很大的偏差，而這個偏差的主要來源，是傳統的主體哲學的觀點。「主體」(subject)與「人」(man)之間的關係沒有明確地釐清，以致於在這個狀況之下所形構的人文科學，不是一個能表現「人」的科學，而是製造了一個科學的人。即使狄爾泰(Wilhelm Dilthey)已經試圖從自然科學當中，分離出關於人的科學；康德(Immanuel Kant)也承認了人作為經驗實體的有限性，但他們就是不能提供人的科學一個實在的基礎。針對這個人的科學的客觀基礎，傅柯試圖提供一個唯物的認定，而這個實在的根據，就在事物的秩序。事物的秩序被表達在一歷史的過程，這個歷史過程中隱含了三個不同時期的知識型(episteme)，這三個時期就包含了兩個斷裂。斷裂是在現實中發生，所以它所提供的是現實的客觀基礎，而不是觀念的基礎。從人文科學在歷史演變中的轉變看來，傳統的對待方式，是將人的知識的問題孤立出來，然而這個方式只是一種主觀的作法，並沒有一個客觀的基礎，傅柯認為必須將人文科學放到歷史的演變中，才有實在的根據。在對人文科學史的演變的分析中，傅柯說明三個知識型之間的轉變。問題的源起是要說明「相似」(resemblance)，在文藝復興時的認知方式是相似，古典時期為要說明「相似」如何「相似」，而提出「表象」(representation)作為說明的方式，因為兩者間的相同，故可以互相代表。「表象」預設了能夠表達的能力，為了要表象「相似」，而出現科學的人，所以人才變成現代的主題。為了避免掉入傳統的窠臼，傅柯提出新的處理人文科學的方法。這個方法的產生與法國當代哲學思潮之間，有許多的互動關係，像是巴舍拉(Gaston Bachelard)與岡居朗(George Canguilhem)的科學史研究方法，或是索緒爾(Ferdinand de Saussure)與李維史陀(Claude Levi-Strauss)的結構的客觀形式，都帶給傅柯很大的啟發。傅柯把他的探究方法稱為考古學，他借用並轉化了結構主義的語言(langue)概念，去處理「言說」(discourse)的領域，言說的特徵在於它具有歷史性，不是一種形式概念，言說的基礎在於知識型，因為知識型擁有「歷史的先驗」(historical a priori)。言說與知識型兩個概念構成了整個考古學的重心，透過這兩個概念的分析，與傳統概念間的對比，考古學顯示了不同於過往的兩個特性：考古學之下的人文科學消解了主體的限制；它同時揭露了一種沒有真理形式的知識觀。