地方制度法於2009年4月修正，成為縣(市)改制為直轄市的法源依據。區公所升格後，許多權責回歸直轄市政府，主要的功能則為執行市府交辦事項，但是面臨日益龐大、複雜且多元的區政業務，許多問題逐漸浮現，甚至難以發揮區公所預期的效能。另一方面，原直轄市山地原住民區，包含台北縣烏來鄉、台中縣和平鄉、高雄縣茂林鄉、桃源鄉及那瑪夏鄉等地區，在改制升格為直轄市後，喪失地方自治團體法人的地位，而為尊重臺灣原住民族的權益，立法院又於2014修訂地方制度法及公職人員選舉罷免法相關條文，使直轄市原住民自治區，重新擁有地方自治的權限。
因此本研究對於直轄市轄下原住民自治區及一般區公所在行政體制修正後，兩者體制不同的情況下同時涉及到區公所與市府各層級單位間之權責劃分與職務歸屬，以及區公所與市民間，要如何設置一種和諧且運作順暢的治理機制的相關課題進行研究，並以新北市政府轄下坪林區公所及烏來區公所兩者的行政效能作為本研究的比較案例，並分別從兩者的表現、行政效能及對於地方治理品質影響等面向進行分析。
研究發現，由於不同制度的關係，導致兩者在各面向的表現均有所不同，因此本研究最後對於直轄市政府及區公所分別提出建議，包含了業務調整、資源重分配、業務考核精緻化、人員職等提升、設定區長任期、提升專業倫理素養等，希望相關的建議，能有效提升區公所的服務的品質，獲得更多民眾的認同。

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